香港虧損企業(yè)在大陸代扣的企業(yè)所得稅需依照中國的稅法進行相應處理，虧損抵扣、所得稅率適用和稅收協(xié)定優(yōu)惠等是處理該問題的關鍵因素。香港企業(yè)在大陸經營時，其稅務處理遵循中國大陸的相關稅法規(guī)定。

下面將具體闡述香港虧損企業(yè)在大陸代扣企業(yè)所得稅的處理方式：

虧損抵扣

虧損結轉：根據(jù)中國大陸的稅法規(guī)定，企業(yè)在一定條件下可以將虧損結轉至后期年度抵扣，但有一定的限制條件和期限。例如，虧損可以在以后五年內結轉，用于抵扣未來年度的應納稅所得額。
跨境虧損處理：對于香港企業(yè)在大陸的虧損，如果該企業(yè)在香港也存在業(yè)務，則需要考慮兩地間稅務安排。通常情況下，跨境虧損的處理較為復雜，可能需要遵循雙邊稅收協(xié)定的規(guī)定。
所得稅率適用

居民企業(yè)和非居民企業(yè)：在中國大陸，不同類型企業(yè)的所得稅率可能有所不同。居民企業(yè)通常適用較低的稅率，而非居民企業(yè)則可能面臨更高的稅率。
稅收優(yōu)惠政策：特定區(qū)域或行業(yè)可能享有稅收優(yōu)惠。香港企業(yè)在大陸經營時，需要了解是否有相關政策適用于自己，從而享受更優(yōu)惠的稅率。
稅收協(xié)定優(yōu)惠

中港稅收協(xié)定：中國大陸與香港之間存在雙邊稅收協(xié)定。根據(jù)協(xié)定內容，香港企業(yè)在大陸可以享有一定的稅收優(yōu)惠，如減免所得稅等。
非歧視待遇：稅收協(xié)定通常確保了締約方企業(yè)在另一方境內享受非歧視待遇，這意味著香港企業(yè)在大陸的稅負不應高于當?shù)仄髽I(yè)。